محمد ملکی فعال ملی مذهبی و از زندانیان سیاسی، در نامه‌ای مفصل که برای رهبر ایران نگاشته است ایران را کشوری در حال فروپاشی دانسته و وی را مسئول تمامی مشکلات امروز ایران معرفی کرده است. وی خامنه‌ای را فردی تشنه قدرت خوانده و خواستار استعفای وی شده است.
در این نامه که در وبسایت روزآنلاین منتشر شده، آمده است: «جناب آقای سید علی خامنه‌ای! حال که طلسم قدرتتان با سنگ جنبش‌های مردمی شکاف برداشته، می‌خواهم بعنوان یک آشنای قدیمی سخنی با شما در میان بگذارم. شاید باور داشته باشید که مرگ حق است و همه از جمله من و شما هم روزی از این جهان خواهیم رفت اما بی‌شک مرگ ما متفاوت خواهد بود. شما و اطرافیانتان حتماً برای آن روز برنامه ریزی کرده‌اید امّا تا چه اندازه در پیشبرد آن موفق خواهید شد خدا می‌داند.... بله جناب آقای خامنه‌ای، من و شما ۸۰ سال بیشتر یا کمتر زندگی خواهیم کرد با این تفاوت که من ۵۰ سال در آتش عشق به آزادی ایران و مردم سوختم و شما در آتش عشق به قدرت و مقام. نمی‌دانم در این قمار من برنده بوده‌ام یا شما؟ من آن قماربازی بودم که همه چیزم را در راه رسیدن به آزادی و برابری مردم باختم و هیچم نمانده الاّ هوس قمار دیگر؛ ولی شما در این قمار ظاهراً برنده بودید و امروز» مقام «و» قدرت «دارید و نمی‌دانم چه هوس یا هوس‌ها در سر می‌پرورانید.»
نخستین رئیس دانشگاه تهران پس از انقلاب در ادامه می‌نویسد: «قبول کنید ایران در حالِ فروپاشی است. به حرفهای اطرافیان خود باور نداشته باشید، آن‌ها فقط به منافع خود می‌اندیشند و در پایان کار ر‌هایتان می‌کنند. در حالِ حاضر مردم تمام گرفتاریهای خود را ناشی از اعمال و رفتار و گفتار شما می‌دانند. شما بودید که مشکلات بی‌حد و حصر مردم را به جای چاره جویی انکار کردید و می‌کنید. شما بودید که ایران را آزاد‌ترین کشور جهان نامیدید. شما بودید، که با تصمیم گیریهای غلط و دور از خرد به بیگانگان امکان دادید با تحریم‌ها اکثریت مردم را به روز سیاه بنشانند، شما بودید که با بی‌سیاستی‌هایتان دنیا را در مقابل ایران قرار دادید، شما بودید که به عواملتان چراغ سبز نشان دادید تا در ایران و خارج ایران، در خیابان و بیابان دست به اعمال تروریستی بزنند و خون ایرانیانِ دگراندیش را بر زمین بریزند. شما بعنوان رئیس جمهور و رهبر باید در برابر کشتار ده‌ها هزار انسان در دههٔ شصت و شهادت هدی‌ها و هاله‌ها و ندا‌ها و صبا‌ها و ستار‌ها جوابگو باشید.»
ملکی در ادامه تمام اتفاقات کشور را ناشی از مدیریت رهبر ایران دانسته و می‌نویسد: «احمدی نژادی که او را به دوستان قدیمیتان مانند هاشمی رفسنجانی ترجیح دادید، امروز در مقابلتان و منصوبانتان در قوهٔ قضائیه و مقننه ایستاده و برایتان شاخ و شانه می‌کشد و تهدیدتان می‌کند که اگر سر به سرش بگذارید» اسرار، هویدا خواهد کرد «. آیا همهٔ این وقایع ناشی از بی‌سیاستی و عدم کیاست و آگاه نبودن به زمان و عدم مدیریت شما نیست؟ می‌خواهم به آن دوستانی که هنوز هم در تلاشند شما را از راهی که در پیش گرفته‌اید و مسلماً به نابودی خودتان و مملکت منجر خواهد شد بازدارند و به اصلاح راه شما بپردازند بگویم، اگر موسی توانست با آن موعظه‌ها فرعون را به راه راست هدایت کند من و شما هم می‌توانیم. باید مطمئن باشیم تنها امواج ناشی از طوفان خشم مردم می‌تواند سرنوشت استبدادیان را رقم بزند. تاریخ مسیر خود را طی می‌کند و از پیش فرجام کار دیکتاتور‌ها را تعیین کرده است.»
این فعال ملی مذهبی در انتهای نامه خواستار استعفای خامنه‌ای شده است و آورده است: «شما باید خاضعانه استعفای خود را به حضور ملّت بزرگوار ایران تقدیم کنید و اعلام نمایید با شرایطی که به وجود آمده، اثبات شد» نظام ولایی «قادر به ادارهٔ امور کشور نیست و مردم فهیم ایران هستند که باید چگونگی ادارهٔ امور کشور را در یک همه پرسی (رفراندوم) آزاد و همگانی زیرنظر سازمانهای بین المللی تعیین کنند و سرنوشت خود را به دست گیرند تا از آنچه در لیبی و سوریه و... در کشتار مردم و تخریب شهر‌ها اتفاق افتاد جلوگیری گردد. جناب آقای خامنه‌ای، شک نکنید، فردا نوبت شماست و این نوشته، آخرین پیام من به شماست.»
محمد ملکی از زندانیان سیاسی قدیمی جمهوری اسلامی است که بار‌ها در سال‌های مختلف به زندان افتاده است.
نخستین رئیس دانشگاه تهران پس از انقلاب در ادامه می‌نویسد: «قبول کنید ایران در حالِ فروپاشی است. به حرفهای اطرافیان خود باور نداشته باشید، آن‌ها فقط به منافع خود می‌اندیشند و در پایان کار ر‌هایتان می‌کنند. در حالِ حاضر مردم تمام گرفتاریهای خود را ناشی از اعمال و رفتار و گفتار شما می‌دانند. شما بودید که مشکلات بی‌حد و حصر مردم را به جای چاره جویی انکار کردید و می‌کنید. شما بودید که ایران را آزاد‌ترین کشور جهان نامیدید. شما بودید، که با تصمیم گیریهای غلط و دور از خرد به بیگانگان امکان دادید با تحریم‌ها اکثریت مردم را به روز سیاه بنشانند، شما بودید که با بی‌سیاستی‌هایتان دنیا را در مقابل ایران قرار دادید، شما بودید که به عواملتان چراغ سبز نشان دادید تا در ایران و خارج ایران، در خیابان و بیابان دست به اعمال تروریستی بزنند و خون ایرانیانِ دگراندیش را بر زمین بریزند. شما بعنوان رئیس جمهور و رهبر باید در برابر کشتار ده‌ها هزار انسان در دههٔ شصت و شهادت هدی‌ها و هاله‌ها و ندا‌ها و صبا‌ها و ستار‌ها جوابگو باشید.»
ملکی در ادامه تمام اتفاقات کشور را ناشی از مدیریت رهبر ایران دانسته و می‌نویسد: «احمدی نژادی که او را به دوستان قدیمیتان مانند هاشمی رفسنجانی ترجیح دادید، امروز در مقابلتان و منصوبانتان در قوهٔ قضائیه و مقننه ایستاده و برایتان شاخ و شانه می‌کشد و تهدیدتان می‌کند که اگر سر به سرش بگذارید» اسرار، هویدا خواهد کرد «. آیا همهٔ این وقایع ناشی از بی‌سیاستی و عدم کیاست و آگاه نبودن به زمان و عدم مدیریت شما نیست؟ می‌خواهم به آن دوستانی که هنوز هم در تلاشند شما را از راهی که در پیش گرفته‌اید و مسلماً به نابودی خودتان و مملکت منجر خواهد شد بازدارند و به اصلاح راه شما بپردازند بگویم، اگر موسی توانست با آن موعظه‌ها فرعون را به راه راست هدایت کند من و شما هم می‌توانیم. باید مطمئن باشیم تنها امواج ناشی از طوفان خشم مردم می‌تواند سرنوشت استبدادیان را رقم بزند. تاریخ مسیر خود را طی می‌کند و از پیش فرجام کار دیکتاتور‌ها را تعیین کرده است.»
این فعال ملی مذهبی در انتهای نامه خواستار استعفای خامنه‌ای شده است و آورده است: «شما باید خاضعانه استعفای خود را به حضور ملّت بزرگوار ایران تقدیم کنید و اعلام نمایید با شرایطی که به وجود آمده، اثبات شد» نظام ولایی «قادر به ادارهٔ امور کشور نیست و مردم فهیم ایران هستند که باید چگونگی ادارهٔ امور کشور را در یک همه پرسی (رفراندوم) آزاد و همگانی زیرنظر سازمانهای بین المللی تعیین کنند و سرنوشت خود را به دست گیرند تا از آنچه در لیبی و سوریه و... در کشتار مردم و تخریب شهر‌ها اتفاق افتاد جلوگیری گردد. جناب آقای خامنه‌ای، شک نکنید، فردا نوبت شماست و این نوشته، آخرین پیام من به شماست.»
محمد ملکی از زندانیان سیاسی قدیمی جمهوری اسلامی است که بار‌ها در سال‌های مختلف به زندان افتاده است.
