علی یونسی، دومین وزیر اطلاعات دولت خاتمی و یکی از روسای دادگاه نظامی در باره قضات غیر مستقل گفت: «گاهی در تهران قاضی حاضر نشده است که دستور بگیرد از کسی، لذا از یزد -آن هم از شهرستان‌های یزد- یا از اردبیل قاضی آوردند یا یک قاضی آوردند که مسئله‌دار است و مجبور است مطابق میل رفتار بکند.» اشاره او می‌تواند به قاضی مرتضوی، قاتل مطبوعات و عامل فاجعه کهریزک باشد.
علی یونسی، وزیر اطلاعات کابینه سید محمد خاتمی که بعد از ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای و کنار رفتن دری نجف‌آبادی به این سمت منصوب شد، در گفتگو با سایتجماران، با اشاره به اهمیت استقلال قضات از دستگاه‌های دیگر گفت که وقتی برخی قاضیان زیر بار دستورات از بالا نمی‌روند، از نقاط دور افتاده، قضاتی مساله‌دار به تهران آورده‌اند که مجبور بوده‌اند مطابق میل رفتار کنند. یونسی گفت: «گاهی در تهران قاضی حاضر نشده است که دستور بگیرد از کسی، لذا از یزد -آن هم از شهرستان‌های یزد- یا از اردبیل قاضی آوردند یا یک قاضی آوردند که مسئله‌دار است و مجبور است مطابق میل رفتار بکند.»
اشاره یونسی می‌تواند متوجه سعید مرتضوی باشد که به گفته بسیاری از وکلا، پرونده‌های متعدد اخلاقی و مالی در دادگاه انتظامی قضات داشته است.
سعید مرتضوی پیش از آنکه در ۲۸ سالگی به خاطر ارتباط با فرزند آیت‌الله محمد یزدی، رئیس اسبق قوه قضاییه به ریاست شعبه ۱۴۱۰ دادگاه کارکنان دولت برسد، به خاطر تخلفات متعدد اخلاقی و مالی زیر ذره‌بین بود، اما با ورود به تهران، ابتدا زیر سایه محسنی اژه‌ای رشد و سپس دادستان تهران شد.
در دوران ریاست قاضی مرتضوی بر شعبه ۱۴۱۰ که به دادگاه مطبوعات معروف بود، ده‌ها روزنامه و مجله از سوی او توقیف و بیش از سی روزنامه‌نگار بازداشت شدند. مرتضوی در مواردی، بازجویی از روزنامه‌نگاران را خود انجام داد.
مرگ زهرا کاظمی، عکاس-خبرنگار ایرانی-کانادایی در سال ۱۳۸۲ تحت مسوولیت بازجویان زیر دست مرتضوی، که در آن زمان دادستان تهران بود، نام او را جهانی کرد.
مرتضوی در سال‌های بعد از آن با نزدیکی هرچه بیشتر به بیت رهبری، مصونیت ویژه‌ای پیدا کرد و موارد تخلف وی از سوی دادگاه انتظامی قضات عملا نادیده گرفته شد.
در دوران دادستانی او، تعداد زیادی از وکلا و فعالان و روزنامه‌نگاران و همچنین افرادی که تابعیت دوگانه نیز داشتند دستگیر و تحت فشار زیادی قرار گرفتند.
با مرگ سه نفر از بازداشت شدگان وقایع بعد از انتخابات ۱۳۸۸ در کهریزک، جایگاه مرتضوی تدریجا در دستگاه قضایی سست شد، اما با حمایت دولت احمدی‌نژاد، موقعیت خود را باز یافت و به ریاست سازمان تامین اجتماعی رسید.
اشاره اخیر علی یونسی به قاضی مساله‌داری که از شهرستان‌های یزد به تهران آمده، یادآور نحوه انتقال یکی از پرمساله‌ترین افراد دستگاه قضایی از نقاط دورافتاده به پایتخت و رشد ناگهانی به بالاترین مدارج قوه قضاییه است.
