فرزند آیتالله خمینی با حزب بعث عراق برای گرفتن آموزش نظامی روحانیت در عراق در ارتباط بود. مصطفی معتقد به استفاده از امکانات دولت عراق برای مبارزه با شاه بوده است.
مصطفی خمینی بعد از حضور در عراق رابطه خوبی با مراجع مقیم در نجف و کربلا از جمله آیتالله خوئی، حکیم، موسوی بجنوردی، سید محمود شاهرودی، عبدالهادی حائری داشت و در کلاسهای آنها شرکت میکرد. رویه وی با پدرش متفاوت بود. آنگونه که عمید زنجانی تعریف میکند حلقه نزدیکان و دوستان وی اکثرا کسانی بودند که از مخالفین مشی سیاسی و آراء فقهی پدرش بودند. این کار امر عجیبی از دید نزدیکان آیتالله خمینی بود تا جایی که شیخ نصرالله خلخالی متصدی امور دفتر آیتالله خمینی در نجف به وی گفته بود پدرت اگر یک دشمن داشته باشد، تو برایش کفایت میکنی. عمید زنجانی رییس سابق دانشگاه تهران در دوره اول ریاست جمهوری احمدی نژاد وی که ازدوستان مصطفی خمینی بود ماجرا را چنین تعریف میکند:
«حاج آقا مصطفی رویهای در نجف داشت که رویه را اکثرا متوجه نبودند و آن این بود که تمام دوستان و هم گعدهایها و هم بزمهایش همه یا اکثرا از مخالفین امام بودند. همه ماها این را ایراد میدانستیم. میگفتیم ایشان با این اخلاص و ارادتی که به امام دارد چطور با اینها نشست و برخاست دارد؟! اینها به امام اهانت میکنند! اینها به امام فحش میدهند! اینها امام را مسخره میکنند! حال چطور با اینها همنشین است. نه تنها همنشین است بلکه هم بزم است. صوری، نهاری، شامی با هم هستند میگویند و میخندند. وقتی آنها برای امام جوک میگویند خود حاج آقا مصطفی هم یکی اضافه میکند مثلا با این عبارت: «قربون جدش برم»؛ مرحوم خلخالی که در بعضی از گعدهها حضور داشت خیلی ناراحت بود. میگفت اگر پدرت یک دشمن داشته باشد تو برایش کفایت میکنی. این کارها چیه؟! خیلی عصبانی میشد. حاج آقا مصطفی قه قه میخندید (خنده مصاحبه شونده). شیخ نصرالله مسن بود. حاج آقا مصطفی سربهسرش میگذاشت و اذیتش میکرد. بعدها ما فهمیدیم چه در سر داشت. زمانی که همه آنهایی که به امام فحش میدادند، توهین میکردند همه آنها یکی یکی به درس امام آمدند. تازه ما فهمیدیم که این سیاستی که حاج آقا مصطفی اعمال میکرد معنی آن چه بود. اولا اینها را کنترل میکرد. با خبر میشد که پشت سر امام چه خبر است و احتمالا به امام میرساند و دوما اعتماد اینها را جلب میکرد کم کم به درس امام آمدند. بعضیهایشان الان هم هستند که نمیتوانم اسم ببرم. همانا در علمیت امام تردید میکردند. آمدند درس امام و شدند مرید امام. یعنی خالصترین و بهترین مریدهای امام (خنده مصاحبه شونده) همینها بودند که حاج آقا مصطفی با این سیاستش آنها را جذب کرد.»
تحلیل و توجیه عمید زنجانی منطقی به نظر نمیرسد. مصطفی خمینی اگر میخواست این افراد را از این طریق به کلاسهای پدرش کشانده و مخالفت آنها را به موافقت تبدیل نماید. علیالقاعده باید بخشی از روابطش را با آنها تنظیم میکرد نه اینکه تقریبا همه دوستانش از کسانی باشند که دیدگاه مخالف با پدرش داشته باشند! وی اگر با پدرش کاملا هم رای بود و هماهنگی برایش جنبه تعیین کننده و کلیدی داشت باید اکثر دوستانش از علاقمندان به آیتالله خمینی میبودند.
مصطفی خمینی رابطه صمیمی و خاصی با روحانیون نزدیک به آیتالله خمینی و حلقه اول وابسته به وی نظیر مطهری، منتظری، بهشتی، رفسنجانی نداشت. ضمن اینکه با آنها مخالفت صریح نمیکرد. در عین حال معدودی از نزدیکان وی چون سید محمود دعایی و عباسعلی عمید زنجانی نیز بودند که شیفتگی به آیتالله خمینی داشتند اما هم نظری کامل بین آنها برقرار نبود. سید محمود دعایی در آن زمان با گروههای روشنفکری و متجددین مذهبی بر عکس مصطفی رابطه خوبی داشت. افرادی چون محتشمی شاگرد وی بودند.
حلقه دوستان و همراهان مصطفی خمینی از افرادی چون محمد صادقی، موسی آیتالله زاده اصفهانی، محمد مولوی عربشاهی، مرتضی نخجوانی، سید حسن بجنوردی، موسیقمی، سید محمد اشکوری، سید مرتضی فقیه، محمد تقی بهلول، محمد رضا رحمت، سید تقی درچهای، نظام الهی قمشهای، علی اصغر مروارید، محمد طاووسی بجنوردی، عباسعلی عمید زنجانی، محمود قوچانی، سید مرتضی مستجابی سید علی اکبر محتشمی، سید محمود دعایی، حسن مهاجر و... تشکیل شده بود.
مصطفی خمینی در دهه چهل و نیمه نخست دهه پنجاه رابط پدرش با گروههای انقلابی بود و سفرهایی به عربستان، سوریه و لبنان برای هماهنگی و هدایت نیروهای انقلابی مذهبی انجام داد. بیانیههای پدرش را توزیع میکرد. همچنین وجوهات و منابع مالی را از جاهای مختلف و از جمله لبنان جمعآوری میکرد. ساواک گزارشهای متعددی از این نوع فعالیتهای وی تهیه کرده بود.
مصطفی خمینی در دوره انقلابیگری تلاش زیادی برای هماهنگ کردن نیروهای انقلابی داشت ولی توجه اصلی وی به روحانیون سنتگرا بود و همانگونه که قبلا توضیح داده شد نظر منفی به نوگرایان مذهبی و روشنفکران داشت. محمد موسوی بجنوردی در این خصوص میگوید: «حاج آقا مصطفی در برخورد با مبارزین ایرانی مثل لیبرالها و اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران و غیره که برای دیدن امام و تبادل نظر به نجف میآمدند؛ ولی خط فکری انحرافی و غیراصولی داشتند. به من میگفتند: «من با اینها هیچ خوش ندارم که نشست و برخاست کنم. شما کاری بکنید که اینها اصلا طرف ما نیایند»... میگفت: «اینها آدمهای فاسدی هستند، اینها از مسلمین نیستند، اینها ضررشان برای اسلام از کافر بیدین بدتر است؛ چون اینها به نام اسلام میخواهند، اسلام را از بین ببرند.»
احمد خمینی در خرداد ۱۳۵۶ به عراق آمد. بر مبنای شنیدهها و اطلاعات موجود روابط شخصی و عاطفی دو برادر خوب بوده است. اما دیدگاههای سیاسی آنها یکسان نبود. همچنین مصطفی خمینی با دخالت برادرش در امور بیت پدرش مشکل داشت. به نظر میرسد در این زمینه اصطکاکی بین دو برادر وجود داشته است. چون آیتالله خمینی به احمد خمینی میگوید که به کارهای بیت و دفتر او کاری نداشته باشد و فقط در عراق درس بخواند. عباسعلی عمید زنجانی طی خاطرهای به این موضوع اشاره غیرمستقیم و تلویحی دارد:
مصطفی خمینی در دوره انقلابیگری تلاش زیادی برای هماهنگ کردن نیروهای انقلابی داشت ولی توجه اصلی وی به روحانیون سنتگرا بود و همانگونه که قبلا توضیح داده شد نظر منفی به نوگرایان مذهبی و روشنفکران داشت. محمد موسوی بجنوردی در این خصوص میگوید: «حاج آقا مصطفی در برخورد با مبارزین ایرانی مثل لیبرالها و اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران و غیره که برای دیدن امام و تبادل نظر به نجف میآمدند؛ ولی خط فکری انحرافی و غیراصولی داشتند. به من میگفتند: «من با اینها هیچ خوش ندارم که نشست و برخاست کنم. شما کاری بکنید که اینها اصلا طرف ما نیایند»... میگفت: «اینها آدمهای فاسدی هستند، اینها از مسلمین نیستند، اینها ضررشان برای اسلام از کافر بیدین بدتر است؛ چون اینها به نام اسلام میخواهند، اسلام را از بین ببرند.»
احمد خمینی در خرداد ۱۳۵۶ به عراق آمد. بر مبنای شنیدهها و اطلاعات موجود روابط شخصی و عاطفی دو برادر خوب بوده است. اما دیدگاههای سیاسی آنها یکسان نبود. همچنین مصطفی خمینی با دخالت برادرش در امور بیت پدرش مشکل داشت. به نظر میرسد در این زمینه اصطکاکی بین دو برادر وجود داشته است. چون آیتالله خمینی به احمد خمینی میگوید که به کارهای بیت و دفتر او کاری نداشته باشد و فقط در عراق درس بخواند. عباسعلی عمید زنجانی طی خاطرهای به این موضوع اشاره غیرمستقیم و تلویحی دارد:
«رویش هم به امام باز بود. به نظر من در بازیافت سلامتی امام بسیار مؤثر و نقش بسیار اساسی داشت. بعد از یکسال همسر امام و حاج احمد آقا از قم آمدند، خانم امام به امام خیلی رسیدند. حاج احمد آقا هم خیلی جوان بود. امام هم توصیه کرد که ایشان به کارهای بیت کاری نداشته باشد، برود به درسش برسد. در قم کمی خوانده بود ولی در نجف جدی شروع کرد به درس خواندن و با بیرونی و بیت امام هم کاری نداشت. این وظیفه بر عهده حاج آقا مصطفی بود. گاهگاهی هم حاج آقا مصطفی شوخی میکرد با این تعبیر میگفت بابا یک داغ برای یک خانه برای همیشه بس است. خب من هستم دیگه. احمد آقا را دیگر چرا عمامه به سرش گذاشتید. فردا سر ارث پدر با هم دعوا میکنیم(خنده مصاحبه شونده). مرحوم آقای حجت وقتی فوت کردند دو تا پسر بزرگ داشتند که هر دو هم در نجف تحصیل کرده بودند. وقتی مرحوم آقای حجت فوت کرد آنها به جان هم افتادند خیلی بد شد. حتی به حیثیت و مقام و منزلت مرحوم آقای حجت که خیلی مهم بود لطمه زد. حاج آقا مصطفی اشاره به آن داشت. میگفت مثل آقا سید حسن و آقا سید محسن میافتیم به جان هم سر ارث پدر (خنده مصاحبه شونده). آن زمان فاصله سنی حاج احمد آقا با حاج آقا مصطفی زیاد بود. و تقریبا احمد آقا به برادر بزرگتر به چشم پدری نگاه میکرد.»
مصطفی خمینی در بدو ورود به عراق رابطه خوبی با آیتالله حکیم برقرار ساخت. از آنجاییکه دولت وقت عراق با حکیم مشکل داشت لذا نسبت به مصطفی خمینی حساس شد. بعد از بازگشت آیتالله حکیم از تبعید به عراق علی رغم ممنوع الملاقات بودن وی، مصطفی خمینی به دیدن او رفت. بعد از این کار حاج آقا مصطفی از اولين افرادی بود كه پس از بازگرداندن آقای حكيم از بغداد به كوفه، به ديدار وی رفت، بنابراين در ۲۱ خرداد ۱۳۴۸ طبق دستور طرف شورای فرماندهی حزب بعث بعد از اطلاع به آیتالله خمینی، مصطفی خمینی تحت الحفظ به بغداد اعزام شد در بغداد، حسنالبكر رییس جمهور وقت عراق به او اظهار میدارد كه ما چندين بار از پدر شما خواستيم كه به نفع دولت عراق و عليه كشور شاهنشاهی ايران، اقداماتی معمول دارد و هر بار از اين امر شانه خالی كردهاند، شما از پدرتان بخواهيد كه در تأمين نظر ما اقدام نمايد سید مصطفی پاسخ منفی میدهد و بعد از بازداشت کوتاهی آزاد میشود. نمایندگی ساواک در عراق در این خصوص گزارشی به شرح زیر دارد:
«بازگشت به نامه سری شماره ۱/۴/۸۵۳۸ مورخ ۳۱/۳/۱۳۴۸ راجع به دستگيری سيدمصطفی خمينی اشعار میدارد موضوع مورد تأييد میباشد و از قرار شايع سرهنگ علی هادی وتوت، پس از چند روزی كه به استانداری كربلا منصوب شده بود از آيتالله خمينی درخواست مینمايد كه عليه دولت شاهنشاهی فتوی صادر نمايد و نامبرده با پرخاش و پرت كردن گذرنامه خود، میگويد من وطن خود را به عراق نمیفروشم و هركاری میخواهيد بكنيد و از شركت در نماز جماعت هم به عنوان اعتراض خودداری مینمايد. عراقیها به تصور اين كه سيدمصطفی پسر مشاراليه تلقيناتی كرده است، چند روزی وی را توقيف میكنند؛ ولي بعداً تغيير جهت داده و به تصور تحبيب سيدمصطفی كه بيشتر بتوانند در روحيات پدرش نفوذ پيدا نمايند، نامبرده را از زندان آزاد میسازند.»
ظاهرا مصطفی خمینی نگاه منفی به دولت عراق داشته است اما معتقد به استفاده از امکانات آنها برای مبارزه با شاه بوده است. از اینرو میکوشید رابطه خوبی با مسوولین عراقی داشته باشد و از این رابطه برای حل مشکلات هواداران نهضت اسلامی در عراق استفاده میکرد.
دولت عراق در مقطعی که تنش با حکومت شاه بالا گرفته بود، سعی میکند ائتلافی از مخالفین ایرانی بر علیه حکومت پهلوی در عراق راه بیاندازد و امکانات نظامی، مالی، آموزشی و رسانهای در اختیار آنها قرار دهد. آنها از مصطفی خمینی نیز دعوت میکنند و وی نیز میپذیرد. یکی از برنامهها تاسیس رادیویی برای مخالفت با حکومت شاه بود. مسوولیت رادیو با تیمور بختیار بود. سید محمود دعایی با نظر مصطفی خمینی مسوولیت تهیه برنامهای مستقل تحت عنوان رادیو نهضت روحانیت را بر عهده میگیرد. دعایی مدعی است که وی ابتدا تمایل به انجام این کار نداشته و نگران بوده همکاری با رادیوی فوق به وجهه آیتالله خمینی ضربه بزند. بنابراین از مصطفی خمینی میخواهد که موضوع را با پدرش در جریان بگذارد و موافقت وی را کسب کند. اما مصطفی خمینی میگوید نیازی به این کار نیست و دلیل کار را این چنین توضیح میدهد: «طبیعتا ما اگر برویم از آقا سوال بکنیم، ایشان در یک تنگنا قرار خواهند گرفت که طبیعتا پاسخ روشنی نخواهند داد و ممکن است مخالفت کنند؛ چون به هر حال مصلحت نیست که با اجازه ایشان، و با اطلاع ایشان، یک حرکتی را شروع کنیم که نوعی خطر باشد و تبعات پیشبینی نشده منفی در پی داشته باشد و آن را به حساب امام بگذاریم.»
آنها کار را شروع میکنند. دعایی مدعی است بعدا آیتالله خمینی از طریق مصطفی از جریان رادیو و فعالیتهایش مطلع میشود و طی دیداری، نظر موافقش را اعلام مینماید. اما گزارش ساواک در مقطعی اشاره دارد که آیتالله خمینی با تقاضای سید موسی آیتالله زاده اصفهانی که در راس رادیو نهضت روحانیت است (وی با تیمور بختیار همکاری داشت) مواقت نکرده است.
دعایی به مدت ۷ سال برنامه نهضت روحانیت را اجرا کرد. اما بعدا با تیمور بختیار دچار مشکل شد. مدتی در فعالیت رادیو وقفه ایجاد شد. اما بعدا به صورت جدا از تیمور بختیار فعالیتش را از سر گرفت و نهایتا نیز تعطیل گشت.
دعایی مدعی است که در تهیه و تدوین برنامهها از منابع مالی مستقل استفاده میشده و از دولت عراق کمک مالی گرفته نشده است. اما برخی از گزارشها حاکی است که دولت عراق امکانات فنی و مالی رادیو را تامین میکرده است. اظهار نظر قطعی در این خصوص نیازمند دسترسی به مدارک و اطلاعات بیشتر است.
رابطه مصطفی خمینی با موسیزاده اصفهانی نیز به سردی گرایید. آیتالله خمینی و مصطفی نیز هیچگاه روی خوشی به همکاری مستقیم با تیمور بختیار نشان ندادند.
مورد دیگر فعالیت مصطفی خمینی ارتباط با حزب بعث عراق و دریافت کمک از آنها برای آموزش نظامی روحانیت در عراق بود.
شیخ حسن مهاجردر خاطراتش در این زمینه میگوید:
«ماموریتی بود که ایشان [سید مصطفی خمینی] به من دستور داد که با ارکان حزب بعث ارتباط برقرار کنم و گزارشهایی شفاهی از وضع آنها تهیه نمایم که ببینم چطور و در چه زمینههایی میتوان با آنها کار کرد. برای این منظور به بغداد رفتم و به وسیله دکتر موسی موسوی [آیتاللّهزاده اصفهانی] نوه مرحوم حاج سیدابوالحسن اصفهانی، با علیرضا که یکی از سه نفر ارکان حزب بعث، محسوب میشد، آشنا شدم و از آن طریق، با ایرانیهایی که ضد حکومت ایران در حزب بعث فعالیت میکردند یا در این زمینه، کمکهایی میکردند، ارتباط برقرار کردم. با روحیه آنها آشنا شدم و تا حدودی ضد اسلام بودنشان برایم آشکار شد؛ یعنی با آن که مخالف شاه بودند، با اسلام هم میانهای نداشتند. طرز تفکر آنها، فعالیتهای علمیشان و همچنین ارتباطشان با گروههای داخل ایران را هم شناسایی کردم. همه این گزارشها را خدمت حاج آقا مصطفی عرض کردم... علاوه بر این ماموریتی که از سوی حاج آقا مصطفی داشتم، ایشان در زمینه تربیت رزمندگان که بتوانند در مقابل رژیم طاغوت بایستند، به من ماموریت دیگری داده بود. به ارتش عراق رفتم، یک دوره کامل چریکی در آنجا دیدم و با سلاحهای گوناگون از کوچک تا بزرگ آشنا شدم. بعد، از آنها سلاح کمری گرفته بودم و در کنار امام، برای جلوگیری از خطرهای احتمالی، از ایشان محافظت میکردم. در کنار این کار، آقای محتشمی را هم با اسلحه آشنا کردم... آن موقع در لبنان و نجف به مسلمانان آموزش چریکی میدادیم که البته اساس آن را حاج آقا مصطفی بنا نهاده بود، در همان موقع، ایشان سفری هم به لبنان داشت که به منزل بنده آمد و ده روز در خدمت ایشان بودم.»
بنابراین روشن است که مصطفی خمینی در چارچوب برنامه سیاسیاش همکاری و ارتباط با حزب بعث عراق داشته و از امکانات آنها استفاده کرده است.