بنا به اطلاع گزارشگران هرانا، ارگان خبری مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران، بهروز آلخانی به همراه ۱۵ تن دیگر در ۷ بهمن ماه ۱۳۸۸ توسط نیروهای امنیتی در شهر سلماس به اتهام رابطه با پژاک بازداشت شد.
وی پس از چند ماه با اتهام جدید مشارکت در قتل دادستان خوی روبرو شد و در شعبه ۱ دادگاه انقلاب ارومیه به ریاست قاضی چابک به اتهام همکاری موثر با پژاک و قتل دادستان شهرستان خوی به اعدام محکوم شد.