ستاد اجرایی فرمان امام یک نهاد مهم اقتصادی و مالی زیر نظر رهبری است که جزو سازمان‌های عمومی غیردولتی است. این نهاد از نظارت سازمان بازرسی کل کشور و کلا نهاد‌های نظارتی خارج است و گردش مالی و منابع پولی‌اش نیز در بودجه عمومی در نظر گرفته نمی‌شود این نهاد همچنین بازوی اجرایی قوه قضاییه در زمینه تملک و مصادره اموال است. این نهاد در سال ۱۳۶۸ و اواخر عمر آیت الله خمینی در راستای اجرای موضوع اصل ۴۹ قانون اساسی تشکیل شد. اصل ۴۹ قانون اساسی می‌گوید:
«دولت موظف است ثروتهای ناشی از ربا، غصب، رشوه، اختلاس، سرقت، قمار، سواستفاده از موقوفات، سواستفاده از مقاطعه‌كاری‌ها و معاملات دولتی، فروش زمين‌های موات و مباحات اصلی، دایر كردن اماكن فساد و ساير موارد غير‌مشروع را گرفته و به صاحب حق رد كند و در صورت معلوم نبودن او به بيت المال بدهد.»
آیت الله خمینی یک سال مهلت داد تا اموال وابسته به صاحب منصبان رژیم گذشته شناسایی شده و در اختیار این ستاد قرار بگیرد.
خامنه‌ای در سال ۱۳۷۰ با صدور فرمانی به ستاد اختیار داد تا علاوه بر مصادره اموال وابستگان طاغوت، دارایی‌های یهودیان و بهائیان، دیگر اقلیت‌های مهاجر و مسلمانان مهاجر، را که اموال‌شان بدون وکیل یا نماینده برای سرپرستی رها شده است، را نیز تصرف کنند. بنابراین از این مقطع به بعد ماموریت و حوزه فعالیت‌های این نهاد گسترش زیادی پیدا کرد. در ادامه تصرف اموال مجهول‌المالک و یا کسانی که ورثه ندارند و دارایی آنها بدون صاحب رها شده است نیز به حوزه کاری این نهاد اضافه گشت.
همچنین مسوولین این ستاد مدعی هستند که اصل ۴۵ قانون اساسی و اختیارات ولی فقیه نیز از موضوعات فعالیت آنها است. اصل ۴۵ می‌گوید انفال و ثروتهای عمومی از قبيل زمين‌های موات يا رها شده، معادن، درياها، درياچه‌ها، رودخانهها و ساير آب‌های عمومی، كوهها، درهها، جنگل‌ها، نی‌زارها، بيشههای طبيعی، مراتعی كه حريم نيست، ارث بدون وارث، و اموال مجهول المالك و اموال عمومی كه از غاصبين مسترد می‌شود، در اختيار حكومت اسلامی است. ولی این اصل اشاره نمی‌کند که این اموال باید در اختیار ولی فقیه قرار بگیرد.
در سال ۱۳۸۷ اصلاحاتی در ستاد اجرایی فرمان امام حاصل شد و قرار شد این نهاد از اندوخته‌های خود برای سرمایه‌گذاری استفاده کند لذا گروه اقتصادی برای این نهاد تشکیل شد و این گروه دارای پنج زير مجموعه شامل ساختمان، ICT، نفت و انرژی، صنعتی و مالی است. همچنین در این نهاد نزدیک به صد نفر فقط در حوزه سیاست‌گزاری و نظارت فعالیت می‌کنند. در تمامی استان‌ها شعبه و دفتر دارد. مسوولیت دفتر هر استان از سوی رییس ستاد انتخاب می‌شود.
این ستاد مشاوران زیادی دارد. همچنین بنیاد برکت از زیر مجموعه‌های آن است که وظيفه محروميت‌زدايی و توانمند سازی مناطق كمتر توسعه يافته را بر عهده دارد.
در مجموع حوزه های فعالیت ستاد اجرایی فرمان امام را می‌توان در موارد زیر بر شمرد: البته ستاد ضابط قوه قضاییه است. تملک و انتقال سرپرستی توسط محاکم دادگستری صورت می‌گیرد. اما طبق بخش‌نامه ۱۰۰/۲۵۰۸۱/۹۰۰۰ قوه قضاییه که در زمان ریاست سید محمود شاهرودی ابلاغ شد احکام مصادره‌ها به نام ستاد فرمان اجرایی امام صادر می‌شود. همچنین این سازمان می‌تواند در تمامی مراحل دادرسی وارد شود.
- شناسایی و تملک اموال صاحب منصبان رژیم گذشته، یهودیان و اقلیت‌های مذهبی مهاجر
- تصرف اموال عمومی اعم از زمین‌های موات، معادن و جنگل‌ها و... که متولی ندارند
- در اختیار گرفتن اموالی که صاحب ندارد و یا استرداد اموال نامشروع و یا غصب شده که مدعی خصوصی ندارد
- فعالیت‌های گسترده اقتصادی
- فروش املاک تصرف شده
- مصادره اموال مخالفین جمهوری اسلامی در داخل و یا خارج از کشور و یا کسانی که پرونده‌های امنیتی دارند
اکنون این نهاد به یکی از کارتل‌های مالی بزرگ تبدیل گشته و ثروت آن اخیرا ۹۵ میلیارد دلار ارزیابی شده است.
بعد از بنیاد مستضعفان و سپاه پاسداران، این نهاد ثروتمند‌ترین بنیاد تحت نظر رهبری است. ستاد اجرایی فرمان امام در عرصه اقتصادی به شدت فعال است. این ستاد می‌خواست در مزایده مخابرات وارد شود که پس از بالا گرفتن انتقادها عقب نشست اما به عنوان شریک با شرکت اعتماد مبین برنده مزایده تصدی‌گری مخابرات شد. همچنین این ستاد یکی از بزرگ‌ترین زمین‌داران ایران است و زمین‌های در اختیارش به حدود ۵ میلیون متر مربع بر آورد می‌شود.
همچنین در سال ۱۳۸۸ نزدیک به ۱۰۰۰ میلیارد تومان از اموال آستانه حضرت عبدالعظیم شهر ری با حکم خامنه‌ای در اختیار این سازمان قرار گرفت. این نهاد ۱۶ درصد سهام بانك پارسيان، ۱۵ درصد سهام بيمه ملت، ۱۱ درصد سهام بانك كار آفرين، پنج درصد سهام ايران خودرو و... را به ارزش ۸۰۰ میلیارد تومان در اختیار دارد. همچنین در سال‌های گذشته یک پروژه ساختمان‌سازی به وسعت میلیون‌ها متر مربع را اجرا کرده است. تغيير تكنولوژی ساخت، حذف واسطه‌ها و دعوت مستقيم از سرمايه‌گذاران، توليد انبوه مسكن، ساخت پالايشگاه و... از اهداف مهم فعالیت‌های اقتصادی این سازمان برای آینده است.
شیوع بالای فساد بخصوص در نحوه فروش اموال حتی باعث اعتراضات زیادی در بخشی از نیروهای نظام شده است. معمولا ساختمان‌های متعلق به این سازمان به قیمت‌های پایین و به صورت مدت‌دار به کارمندان و یا نیروهای نزدیک فروخته می‌شود. همچنین بر خلاف ادعاهای مسوولین ستاد، نزدیک به نیمی از اموالش ستاد از محل تصرف اموال وابستگان به رژیم گذشته کسب شده است. این ستاد در زمینه استرداد اموال نامشروع اقدامی نکرده است.
البته مسوولین ستاد این ادعا‌ها را رد می‌کنند و می‌گویند خدمات زیادی به بخش‌های محروم جامعه اعم از تهیه مسکن ارزان، کمک‌های نقدی، سرمایه‌گذاری و اشتغال‌زایی انجام داده‌اند و ۹۰ درصد معاملات آنها از طریق مزایده صورت گرفته است.
این ستاد قدرت مالی بالایی در اختیار خامنه‌ای می‌گذارد که تحت هیچ نظارت دولتی نیز نیست و وی می‌تواند با فراغ بال هر جا تشخیص داد این سرمایه‌ها را خرج نماید. شایعه است که وی از این محل، مبالغ و هدایایی را در اختیار شخصیت های وفادار به خود قرار می‌دهد.
روال کاری این نهاد بدین‌گونه است که خامنه‌ای، هیات امنای این ستاد را تعیین می‌کند. آنها فردی را برای ریاست معرفی می‌کنند و خامنه‌ای برای وی حکم ریاست صادر می‌نماید. خامنه‌ای همچنین اختیار عزل و پذیرش استعفای ریاست را نیز دارد.
محمد شریعتمداری، محمد جواد ایروانی، سید مصطفی خامنه‌ای (پسر ارشد خامنه‌ای) از اعضای هیات امنا و شورای مدیریتی این ستاد بوده‌اند.
محمد جواد ایروانی برای ده سال ( ۸۶-۷۶ ) رییس ستاد اجرایی بود اما در سال ۱۳۸۶ استعفا داده و محمد مخبر جای‌گزین وی شد. ایروانی وزیر سابق اقتصاد در کابینه موسوی و قائم مقام وزیر جهاد سازندگی در کابینه هاشمی رفسنجانی بود. او در حال حاضر عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام است. ایروانی از چهره‌های نزدیک به جمعیت موتلفه اسلامی است.
محمد مخبر رییس کنونی دکترای مدیریت دارد و از نزدیکان سید علی خامنه‌ای است. او فعالیت‌هایش را در بنیاد مستضعفان آغاز کرد. سپس در دوره ریاست جمهوری احمدی نژاد به وزارت مخابرات رفت. پروژه ایرانسل تحت مدیریت وی اجرا گشت. مخبر چندان شخصیت شناخته شده‌ای نیست. او به دلیل مشارکت در فعالیت‌های هسته‌ای ایران در لیست تحریم اتحادیه اروپا قرار دارد.
از دیگر افراد فعال در ستاد می‌توان به جلیل بشارتی اشاره کرد. او به مدت ۲۶ سال مسوولیت ریاست مرکز توسعه روستایی و مناطق محروم کشور نهاد رياست جمهوری را بر عهده داشت و در سال ۱۳۹۱ بازنشسته شد.
عارف نوروزی مدیر سازمان اموال و املاک ستاد اجرایی فرمان امام از دیگر چهره‌های مهم این سازمان است. او عضو هیات مدیره بانک پارسیان و همچنین هیات مدیره ایران خود رو نیز است.
